1. 论文 “具有生物活性哌啶类化合物的不对称合成研究”获2006年福建省优秀博士论文三等奖（刘良先，2006年）

2. 论文“First Enantioselective Synthesis of the Broadly Acting Feeding Deterrent (R)-Ypaoamide”在曼谷举行的“第四届亚洲有机化学学科前沿学术会议”上被日本代表团评为优秀论文，获颁大会奖状，并获邀于2010年到日本各大学讲学一周。 注：“亚洲有机化学学科前沿学术会议”这是亚洲（有机化学）核心计划（Asian Core Program， ACP）的组成部分。（2009年）

3. 论文：“Studies towards the Total Synthesis of Haliclonin A”获The 13th International Symposium for Chinese Organic Chemists最佳墙报奖the ISCOC-13 Best Poster Prize（郭联东，2014年）

4. 论文：“Direct Transformation of Amides: Reductive Cycloaddition of Secondary Amides with Danishefsky Diene”（化学学报 2015, 73, 705-715）获2016年度《化学学报》最有影响力论文奖（郑剑峰）

5. 论文：“A Concise Formal Stereoselective Total Synthesis of (-)-Swainsonine Chin. Chem. Lett. 2014, 23, 193-196” 获2015年度和2016年度《中国化学快报》高影响力论文奖（王小刚）

6. 论文：“Ni催化的N-酰基吡咯类酰胺与有机硼试剂的交叉偶联反应”获第十五届全国有机合成化学学术研讨会优秀墙报奖（陈航，2018年）

7. 论文：“A stepwise annulation for the transformation of cyclic ketones to fused 6 and 7-membered cyclic enimines and enones”（Chin. J. Chem. 2019, 37, 315-322.）荣获Chinese Journal of Chemistry "新和成《中国化学》创新奖", 并作为Breaking Reports出版。（吴东坪，2019年）

8. 论文：“Biomimetic Enantioselective Total Synthesis of (−)-Robustanoids A and B and Analogues”（J. Org. Chem. 2019, 84, 5627）获第八届天然产物全合成青年研讨会 Organic Chemistry Frontiers Poster Prize（刘占江，2019年 ）

9. 论文：“Biomimetic Enantioselective Total Synthesis of (−)-Robustanoids A and B and Analogues”（J. Org. Chem. 2019, 84, 5627）作为引领性论文入选美国化学会出版部2019年天然产物虚拟专辑（刘占江，2020年）  https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.joc.9b00573